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IT-Konzept DPPN

DPPN Technisches Daten Management aller Standorte

Pflanzen Phänotypisierungs-Plattformen, wie sie vom Deutschen Pflanzen Phänotypisierungs-Netzwerk (DPPN) zur Verfügung gestellt werden, produzieren riesige Mengen an heterogenen Daten. Ihr wissenschaftliches Potenzial kann nur dann voll ausgeschöpft werden, wenn die Datensätze a) der Gemeinschaft zur Verfügung stehen und b) in einer umfassenden und nachvollziehbaren Weise kommentiert werden, um sowohl systematische Reanalyse als auch die Integration mit anderen Datenquellen zu ermöglichen.

So stellt das DPPN-Techno-Modul Infrastrukturen für die Experimentdokumentation und die Datenveröffentlichung sowie Methoden zur Verknüpfung heterogener Phänom- und Genomdaten für die Wissenbeschaffung her.Der Kern der nachhaltigen Experiment-Annotation ist die Beschreibung der Proben in Bezug auf alle experimentellen Faktoren und Quellenmerkmale sowie Protokolle und Parameter für Pflanzenwachstum und spezifische Assays. Der internationale ISA-Tab-Standard bietet Tabellenformate für die Allzweckdatendokumentation.

Bild des DPPN DataInterfacesBild 1: Übersicht des DPPN IT-Konzept

Wir beteiligen uns an der Entwicklung von Empfehlungen für minimal Informationen über in Biosharing.org registrierte Pflanzenphänotyping-Experimente (MIAPPE) und deren Implementierung in einer spezifischen ISA-Tab-Konfiguration für Anlagen-Phänotypisierungsdaten. Die entsprechenden Checklisten werden in den lokalen Datenmanagementsystemen der DPPN-Standorte angewendet, um eine nachhaltige Experimentdokumentation zu unterstützen.

Am IPK Gatersleben wurde hierfür ein PhenoLIMS-Modul auf Basis des kommerziellen LIMSOPHY-Laborinformationsmanagementsystems entwickelt. Das Helmholtz Zentrum München errichtet ein openBIS-Framework und das Forschungszentrum Jülich setzt ein maßgeschneidertes integratives Informationssystem ein. Alle Seiten verwenden den ISA-Tab-Standard, um Datensätze für die Veröffentlichung und den Austausch zu exportieren.

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      Förderkennzeichen:
         031A053A/B/C

 

 


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